１月９日に陸上自衛隊員が組織として集団で靖国神社に参拝したことに対し、日本バプテスト連盟靖国神社問題特別委員会は１６日、抗議声明を発出し、再発の防止を求めた。
声明は、「事前に実施計画が作成され、公用車を使用し、各部隊担当を通して１人２０００円ずつ玉串料を徴収し奉納したことは、宗教施設への部隊での参拝や部員に参加強制を禁じた事務次官通達違反」であるばかりでなく、憲法２０条の「政教分離」違反であると主張。アジアにおいて「軍国主義のシンボル」と見られている靖国神社に陸上自衛隊が組織として参拝を行ったことは、新しい「英霊」を生み出すことにつながると訴えた。
靖国神社国営化阻止キリスト者グループ委員会（浦瀨佑司委員長）は１月２５日、同じく陸上自衛隊幹部らによる靖国神社参拝に対して抗議声明を発表。
声明は、今回の参拝行為を「政教分離を定めた憲法第２０条第３項に違反する行為であるばかりではなく、防衛省の事務次官通達に反するなど、文民統制原則にも反することが明らか」「国家公務員として憲法遵守を宣言している者として大きな過ちを行っているというべき」と非難した。
さらに、管理者である岸田文雄首相、木原稔防衛相に対しても強く抗議し、厳正な処分を求めた。
