（①を読む）
４位は日本バプテスト連盟で、３万３７２９人（クリスチャンのうち約３・６％）。前年の３万４１２１人（１８年）から３９２人減った。２０１４年に３万５８０２人まで増えたが、そこから２０７３人（約６％）減っている。教会数は２８７で、前年と同じ。
日本バプテスト連盟は、米国で最も信徒数が多い南部バプテスト連盟により、戦前から九州を中心に伝道が行われ、戦後は全国に広がった。南部バプテスト連盟は福音派だが、日本バプテスト連盟は主流派。自覚的な信仰告白をしてから「バプテスマ」（「洗礼」と言わない）を受けることが特徴で、カトリックなどの幼児洗礼を認めない。また、他教派は滴礼（額に水を垂らすこと）が多いのに対して、全身で水に浸かる全浸礼を行う。それぞれの教会ごとに独立した各個教会主義で、教会員による総会によって物事を決める会衆制であり、牧師や役員が決める監督制や長老制ではない。
５位は日本福音ルーテル教会で、２万１８５８人（クリスチャンのうち約２・３％）。前年の２万１９０８人（１８年）から５０人減った。１９９６年に２万２３６７人だったのが、５０９人（約２％）減っている。教会数は前年と変わらず１２２。
日本福音ルーテル教会は、宗教改革者ルターによる教派。ルター派は、発祥のドイツをはじめ北欧に多いが、日本では米国のルーテル教会の宣教師により、１８９３年に始まった。まず九州を中心に伝道され、戦時中、日本基督教団に合同されたが、戦後間もない１９４７年、日本福音ルーテル教会として再出発した。プロテスタントの中では比較的カトリックに近い礼拝が守られる。主流派。
６位はセブンスデー・アドベンチスト教団で、１万４９３２人（クリスチャンのうち約１・６％）。前年の１万５２０７人（１８年）から２７５人減ったが、１９８６年の１万１６１２人から３３２０人（約２９％）増えている。教会数は１８４で、前年の１７２（１８年）から１２増えた。
セブンスデー・アドベンチスト教団は１９世紀、米国で盛り上がった再臨待望運動から生まれた教派。初期は再臨日を特定するなど、異端の扱いを受けることが多かった。キリストが復活された日曜日ではなく、土曜日を安息日として礼拝を守るなど、一般の教会との違いがある。（③に続く）
