最新の文化庁編『宗教年鑑』（令和２〔２０２０〕年版）によると（８０～８５頁）、少し増えているところもあるが、全体的に減少傾向にあり、長期的に見るとプロテスタント主流派の落ち込みが激しい（以下数字は、２０２０年１２月３１日現在）。ベスト２０で順位の変動があったのは、基督兄弟団が日本ナザレン教団に抜かされて１８位から１９位になっただけだ
信者数は９４万５６４６人。これまでの推移を見ると、９５万３４６１人（１９年）、９５万９６４０人（１８年）、９６万２５３人（１７年）、９６万８０６６人（１６年）と、５年間で２万２６０２人減っている。
教会の総数は５７８１。振り返ると、５８２０（１９年）、５８１８（１８年）、５７６３（１７年）、５７４３（１６年）と、前年度まで４年間で７７増えていたが、ここ１年で３９も減った。
日本の総人口１億２５５７万人（２１年１月１日現在、総務省統計局の概算値）のうち、クリスチャンは０・７５％となる。
『宗教年鑑』では、文部科学大臣所轄包括宗教法人として登録されている教会のみを扱っている。また、各宗教法人による「報告」に基づいてまとめられているため、正確な実数とは言えず、礼拝やミサに毎週集うクリスチャンになると、実際にはもっと少ないと考えられる。
「異端」とされるモルモン教（末日聖徒イエス・キリスト教会）なども、包括宗教団体のために入っている。ちなみにモルモン教は信者数１２万８１３２人（前年１２万７５３６人で、５９６人増えている）。教会数２６０（前年２６１）。
各教派の信徒数ランキングを２０位まで見ていく。
キリスト教は大きくカトリックと正教会、プロテスタントがあり、プロテスタントはさらにさまざまな教派に分かれている。ランキングのツートップはカトリックとプロテスタントの代表的教団である日本基督教団だ。
１位はカトリックで、４３万７６０７人（クリスチャンのうち約４６％。以下、１％未満は計算しない）。２００９年の４５万２１３６人をピークに減少傾向にあり、前年の４４万８９３人（１９年）より３２８６人減った。ただ、１９８６年版では３９万３５９人なので、この３５年間で４万７２４８人（１２％）増えている。教会数は７７４で、前年の７７７（１９年）から３つ減っている。
カトリックは世界最大のキリスト教の教派で、全世界に約１３億人の信者がいる（世界総人口の約１８％）。プロテスタントは日本独自の組織を持ち、礼拝などのあり方もさまざまだが、カトリックは世界組織で、ミサのあり方も世界共通だ。
２位は日本基督教団で、１１万１５８８人（クリスチャンのうち約１２％）。１１万１０９０人（１９年）、１１万５５０２人（１８年）、１１万７７７３人（１７年）、１１万９２２３（１６年）と、５年で７６３５人減少しているが、前年からは４９８人増えている。１９８６年版では１３万９２４７人なので、３５年間で２万７６５９人（約２０％）も減っている。教会数は１５１０で、前年の１５１４（１９年）から４つ減っている。
日本基督教団は、戦時中にプロテスタント諸教派が合同されてできた。そのため戦後、ルーテルやバプテストなど、教派的伝統を重んじて独立した教派も多くあったが、今なお日本最大のプロテスタントの教団だ。そのため、特色の違う長老改革系と組合系の教会などが混在する。
プロテスタントは１６世紀、ルターやカルヴァンらが進めた宗教改革によってカトリックから分かれ、以後、ルター派、改革派、メソジスト、バプテストなど、その聖書解釈や信仰告白、強調点の違いなどで分裂した。
主流派は日本キリスト教協議会（ＮＣＣ）、福音派は日本福音同盟（ＪＥＡ）に加盟している教団・教派とすると、日本基督教団は主流派。
