最新の文化庁編『宗教年鑑』（平成２９〔２０１７〕年版）によると、平成２８（２０１６）年１２月３１日現在（以下同）、文部科学大臣所轄包括宗教法人として登録されているキリスト教会（伝道所などは含まず）の総数は５７６３（昨年５７４３、２０増）、信者数は９６万０２５３人（昨年９６万８０６６人、７８１３減）。信者数は減っているが、教会数は微増している。
『宗教年鑑 平成２９年版』（文化庁）
カトリック、正教会、そして教会数（伝道所などは含めない）が１００以上あるプロテスタント主要教派の信者数ランキングは以下のとおり。
順位 教会数 信者数 （ ）内は昨年度
１（１）カトリック ７７９（７８５） ４４万１１０７（４４万３７２１）
２（２）日本基督教団 １５２０（１５２１）１１万７７７３（１１万９２２３）
３（３）聖公会 ２７９（２７９） ４万９２２８（５万０５１２）
４（４）バプテスト連盟 ２８５（２８４） ３万３９８４（３万４８３０）
５（５）福音ルーテル １２２（１２２） ２万１８１０（２万１９４１）
６（６）セブンスデー １７２（１７５） １万５１９４（１万４７９７）
７（８）アッセンブリー １６４（１６４） １万２７４９（１万２１６２）
８（７）同盟基督 ２４３（２４５） １万２４６３（１万２４０５）
９（９）日本キリスト １３６（１３６） １万１４９３（１万１６３７）
１０（１０）イムマヌエル１１３（１１４） １万１３７８（１万１５７９）
１１（１１）改革派 １４３（１４４） ９７７９（９８１０）
１２（１２）正教会 ５６（５６） ９４９９（９５１８）
１３（１３）日本イエス １２８（１２８） ８１１３（８２４８）
１４（１４）ホーリネス １６１（１６１） ７５６１（７５９４）
この統計によると、キリスト教人口のうち、約４６パーセントがカトリック、それ以外の約５４パーセントがプロテスタント各派や正教会ということなる。どの教派も信者数は減っているが（カトリック２６１４減、日本基督教団１４５０減）、セブンスデー（３９７増）とアッセンブリー（５８７増）、同盟基督（５８増）は増えており、いちばん増えたアッセンブリーが同盟基督を抜いて７位となった。
全国のキリスト教信者の多い都道府県ランキングは以下のとおり（括弧内は昨年度の人数、２０１７年１０月１日の都道府県の推計人口と人口ランキング）。
１ 東京 ８５万６６４６（８５万９６０３、１３７４万２９０６、１位）
２ 神奈川 ３０万４３５８（３０万７１６１、９１６万１１３９、２位）
３ 大阪 ７万３５４９（７万４９９９、８８３万１６４２、３位）
４ 長崎 ６万５０９９（６万５５９８、１３５万３５５０、２９位）
５ 兵庫 ６万１６５３（６万２０７５、５５０万２９８７、７位）
６ 福岡 ４万６４８１（４万７１１０、５１１万０３３８、９位）
７ 北海道 ４万６００７（４万６３０４、５３２万０５２３、８位）
８ 愛知 ４万５５６７（４万５１２１、７５２万６９１１、４位）
９ 埼玉 ３万８６５９（３万７９８５、７３０万７５７９、５位）
１０ 千葉 ３万５６８４（３万６１８５、６２５万５８７６、６位）
順位は去年と同じで、どこも減っているが（東京２９５７減、神奈川２８０３減など）、愛知（４４６増）と埼玉（６７４増）は増えている。
信者の少ない都道府県ランキング。
１（１） 福井 ２０９７（２１２３、７７万８３２９、５位）
２（２） 島根 ２６７３（２７３０、６８万４６６８、２位）
３（３） 富山 ３１６０（３０３８、１０５万５８９３、１１位）
４（４） 鳥取 ３１６２（３２２３、５６万５２３３、１位）
５（５） 徳島 ３４２８（３４２８、７４万３３５６、４位）
６（６） 高知 ４０５４（４０７７、７１万３４６５、３位）
７（７） 佐賀 ４２２０（４３２４、８２万３６２０、７位）
８（８） 岩手 ４３６９（４４１９、１２５万４８０７、１６位）
９（１１） 香川 ４７６３（４７７８、９６万７６４０、９位）
１０（１０） 山梨 ４７８０（４７２３、８２万３５８０、６位）
１１（９） 秋田 ４８０２（４６８７、９９万５３８０、１０位）
どこも微減か横ばいだが、３位の富山（１２２増）は増えており、４位の鳥取との差はわずか２人。それから、秋田（１１５増）と山梨（５７増）が増えたため、１１位だった香川が９位に、９位だった秋田が１１位になった。
文化庁文化部宗務課（千代田区霞が関）は１９４９年以降、統計報告を毎年１２月末現在で取りまとめ、単立宗教法人については、それを所轄する都道府県で取りまとめて報告が行われ、毎年、『宗教年鑑』を刊行してきた。この統計は宗教法人を対象として、その関連で非法人宗教団体をとらえているので、非法人宗教団体ばかりの包括宗教団体や単立宗教団体はこの統計の対象外となる。これらの統計は、それぞれ文部科学大臣・都道府県知事所轄の包括宗教法人や単立宗教法人、包括宗教団体からの報告に基づいて作成される。『宗教年鑑』は毎年、文化庁ウェブサイトにてＰＤＦファイルで公表され、９５年以降のバックナンバーも見ることができる。
これは各宗教法人による報告に基づいてまとめられた統計であるため、日本人の総人口１億２６４９万（総務省統計局発表の２０１８年５月１日現在の概算値）に対して、「我が国の信者数」が１億８２２６万６４０４人（昨年１億８８８９万２５０６人、６６２万６１０２減）とあるように、正確な実数とは言えない。また、異端とされるモルモン教などもキリスト教の中に入れられている。
