新型コロナ・ウイルス感染拡大を考慮し、プロテスタントの各教会でも独自の対応措置が取られている。感染対策への注意喚起をはじめ、各集会の中止や延期、さらには教会を閉館し、日曜礼拝を中止する教会も出てきている。
１０００人を超える人が毎週、礼拝に集まる大和カルバリーチャペル（神奈川県大和市）では２８日、できる限り自宅で日曜礼拝を守ること、３月４〜６日の定例祈祷会は中止し、自宅での祈りの時を持つこと、そして当面、早天祈祷会と礼拝祈祷会のライブ配信以外の教会活動はしないことを発表した。
大川従道さん（自身のフェイスブックから）
このことについて、同教会牧師の大川従道（おおかわ・つぐみち）さんは次のように話す。
「使徒言行録で、使徒たちが『民衆全体から好意を寄せられた』（２：４７）とあるように、教会は社会的に評判がよく、地域の人たちにも理解できるものでなければいけません。私たちは命をかけて礼拝を守らなければいけませんが、キリスト教会が感染源になってしまっては証しになりませんし、宣教もできなくなります。神の御言葉に従って礼拝を守るため、今回、ユーチューブを使って新鮮な賛美とメッセージを伝えることにしました。
ユーチューブを使っての礼拝は、この時代における主日礼拝の守り方だと思います。今後、東日本大震災のような大規模災害の発生や戦争などによって、教会の礼拝に出られないことがあるかもしれません。そのためにも教会員には、ユーチューブを見られる環境を持つことを勧めています。
ただし、ユーチューブ配信で礼拝を守ることを奨励しようとしているわけではありません。今回、教会に集まって礼拝をできないことに、一人ひとりが寂しさを感じるのではないでしょうか。それは大きな恵みです。すべてのマイナスは必ずプラスになります」
また、日本バプテスト連盟・常盤台バプテスト教会（東京都板橋区）や日本福音ルーテル東京教会（東京都新宿区）などでは、教会の閉鎖、主日礼拝の中止を決定している。
常盤台バプテスト教会（友納靖史主任牧師）ではそれまでも、２月２５日から３月１５日を感染防止重要期間とし、水曜祈祷会や金曜祈祷会を休止にする対策をとってきたが、協議に協議を重ねた結果、２９日より教会を閉鎖し、すべての礼拝、祈祷会、教会学校、その他の集会を休止することを２８日に決定した。同教会では次のようにホームページで呼びかけている。
今回の新型ウイルスにより亡くなられた方、治療中の方を覚えるとともに、これ以上感染が広がらないように祈ります。当面の間、毎日正午に教会の鐘を鳴らしますので、共に祈りを合わせて参りましょう。
日本福音ルーテル東京教会（関野和寛主任牧師）は、新型コロナ・ウイルスのリスクを最小限に留めるべく、２月２８日〜３月１３日まで教会の閉館を決定し、この間の礼拝をはじめ、すべての集いは中止する。３月１日（日）に行われる予定だった「２０２０年度教職授任按手式」も、場所を九州のルーテル博多教会に移し、日程も２０日（日）に変更された。
ニューホープ東京（タロ・サタラカ主任牧師）は、現段階においては礼拝を中止する計画はないが、３月１５日に予定していたニューホープ東京２０周年記念特別礼拝を延期している。新たな開催の詳細に関しては未定。
日本聖書協会（具志堅聖総主事）は、３月２日から６日までの１週間、原則として職員が在宅勤務を行い、事務所での業務は行わないことに決定した。日本キリスト教協議会（ＮＣＣ、渡部信議長）は、３月１３日まで基本的に在宅勤務態勢を取る。
