明治以降、宣教師や日本人キリスト者によって創設された私立学校（女学校）で、その後、国から大学として設置認可されたもの。最初は海外の宣教団体によって運営されているところも多かったが、その後、独立して日本人の手で学校経営されるようになった。
日本には公立と私立を合わせて七百数十校の大学があるが、そのうちキリスト教主義大学は約１０パーセント弱の約６０校もある。しかし、日本にはクリスチャンは１パーセント以下であるため、多くのキリスト教主義学校でも、教授をはじめ学生もほとんどクリスチャンではない。ただ、聖書の言葉などによるスクールモットーのもと、宗教主事が置かれ、礼拝の時間やキリスト教を学ぶ講義もあり、そこでキリスト教に関心を持ち、教会に導かれる学生もいる。
プロテスタント（所在地、開学年。創立年、創立者）
改革長老派
北星学園大学（北海道札幌市、６２年。１８８７年スミス）
東北学院大学（宮城県仙台市、４９年。１８８６年押方方義らによって創立）
宮城学院女子大学（仙台市、４９年。１８８６年押方方義ら）
明治学院大学（東京都港区、４９年。１８６３年ヘボン）
国際基督教大学（東京都三鷹市、５３年）
フェリス女学院大学（横浜市、６５年。１８７０年キダー）
北陸学院大学（石川県金沢市、２００８年。１８８３年ヘッセル）
聖隷クリストファー大学（静岡県浜松市、９２年）
金城学院大学（名古屋市、４９年。１８８９年ランドルフ）
大阪女学院大学（大阪市、２００４年。１８８４年ヘール）
梅光学院大学（山口県下関市、６７年。１８７２年スタウト夫妻）
四国学院大学（香川県善通寺市、６２年）
ルーテル
ルーテル学院大学（東京都三鷹市、１９６４年）
九州ルーテル学院大学（熊本市、９７年。１８８７年エカード）
会衆派教会
共愛学園前橋国際大学（群馬県前橋市、９９年。１８８８年新島襄ら）
桜美林大学（東京都町田市、６６年）
敬和学園大学（新潟県新発田市、９１年）
同志社大学（京都市、２０年。１８７５年新島襄）
同志社女子大学 （京都府京田辺市、４９年。１８７６年新島襄）
梅花女子大学（大坂府茨木市、６４年。１８７８年澤山保羅ら）
神戸女学院大学（兵庫県西宮市、４８年。１８７５年タルカットら）
松山東雲女子大学（愛媛県松山市、９２年。１８８６年二宮邦次郎）
バプテスト教会
関東学院大学（神奈川県横浜市、４９年。１８８４年ベネット）
西南学院大学（福岡市、４９年。１６年ドージャー）
西南女学院大学（福岡県北九州市、９４年。２２年ロウ）
尚絅学院大学（宮城県名取市、２００３年。１８９２年ミード）
メソジスト
酪農学園大学（北海道江別市、６０年。３３年黒澤酉蔵）
弘前学院大学（青森県弘前市、７１年。１８８６年本多庸一）
関西学院大学（兵庫県西宮市、３２年。１８８９年ランバス）
青山学院大学（東京都渋谷区、４９年。１８７４年スクーンメーカー）
東洋英和女学院大学（神奈川県横浜市、８９年。１８８４年カートメル）
山梨英和大学（山梨県甲府市、２００２年。１８８９年カナダ・メソジスト婦人伝道会）
静岡英和学院大学（静岡市、２００２年。１８８７年カニンガム）
名古屋学院大学（愛知県名古屋市、６４年。１８８７年クライン）
広島女学院大学（広島市、４９年。１８８６年砂本貞吉）
福岡女学院大学（福岡市、９０年。１８８５年ギール）
福岡女学院看護大学（福岡県古賀市、２００８年。同）
活水女子大学（長崎市、８１年。１８７９年ラッセル）
長崎ウエスレヤン大学（長崎県諫早市、２００２年。１８８１年ロング）鎮西学院短期大学を改組
その他
盛岡大学（岩手県滝沢市、８１年。５０年細川泰子）
茨城キリスト教大学（茨城県日立市、６７年。４９年キリストの教会）
聖学院大学（埼玉県上尾市、８８年。０３年ガイ）
東京女子大学（東京都杉並区、４８年。１８年）
東京神学大学（東京都三鷹市、４９年）
恵泉女学園大学（東京都多摩市、８８年。２９年河井道）
自由学園（東京都東久留米市、１９２１年羽仁もと子らによって創立）大学ではなく各種学校だが、最高学部に４年制課程がある。
東京基督教大学（千葉県印西市、９０年）
三育学院大学（千葉県夷隅郡、２００９年。１８９８年グレンジャー）セブンスデー・アドベンチスト
中部学院大学（岐阜県関市、９７年。１８年片桐竜子）
長崎外国語大学（長崎市、２００１年。４５年青山武雄）
沖縄キリスト教学院大学（沖縄県中頭郡、２００４年。５７年沖縄キリスト教団）
聖公会
立教大学（東京都豊島区、２２年。１８７４年ウィリアムズ）
聖路加国際大学（東京都中央区、６４年。２０年トイスラー）
平安女学院大学（京都市、２０００年。１８７５年エディ）
桃山学院大学（大阪府和泉市、５９年。１８８４年ワレン）
プール学院大学（大阪府堺市、９６年。１８７９年オクスラド）
神戸松蔭女子学院大学（兵庫県神戸市、６６年。１８９２年フォス）
神戸国際大学（兵庫県神戸市、６８年。６３年八代斌助。旧八代学院大学）
その他（キリスト教学校教育同盟に加盟していないが、創立にキリスト者が深く関わった大学）
北海道大学（北海道札幌市、１９１８年。クラーク博士のいた札幌農学校を前身とし、札幌バンドのリーダーである佐藤昌介が初代学長を務める）
稚内北星学園大学（稚内市、２０００年）
津田塾大学（東京都小平市、４８年。１９００年津田梅子）
玉川大学（東京都町田市、４７年。日本基督教団鹿児島教会で洗礼を受けた小原国芳）
洗足学園音楽大学（神奈川県川崎市、６７年。日本基督教団洗足教会の教会員、前田若尾）
